Όταν πρόκειται για μίνι υπολογιστές, το μέγεθος της μητρικής πλακέτας είναι ένας βασικός παράγοντας που διαμορφώνει τις δυνατότητές τους.
Οι μητρικές πλακέτες μίνι-ITX, ο μικρότερος τυποποιημένος παράγοντας μορφής, είναι ιδανικοί για εξαιρετικά συμπαγείς κατασκευές. Ταιριάζουν άνετα σε μικροσκοπικά περιβλήματα, αλλά έχουν περιορισμένες υποδοχές επέκτασης, συχνά μόνο μία υποδοχή PCIE, οπότε η αναβάθμιση των εξαρτημάτων όπως οι κάρτες γραφικών είναι σκληρή.
Οι μητρικές πλακέτες Micro-ATX προσφέρουν λίγο περισσότερο χώρο. Μπορούν να έχουν δύο ή περισσότερες υποδοχές PCIE, επιτρέποντας την καλύτερη επέκταση, όπως την προσθήκη ειδικής GPU ή επιπλέον ελεγκτών αποθήκευσης. Αυτό τους καθιστά ένα μεσαίο έδαφος για όσους θέλουν περισσότερη ισχύ χωρίς πλήρους μεγέθους υπολογιστή.
Εν ολίγοις, οι μικρότερες πλακέτες μίνι ITX δίνουν προτεραιότητα στο χώρο εξοικονόμησης χώρου, ενώ είναι ελαφρώς μεγαλύτερες μικρο-ATX μέγεθος ισορροπίας και δυναμικό αναβάθμισης για χρήστες μίνι υπολογιστών.
